Информация из англоязычной википедии
The Latin name Rhēnus and Ancient Greek Rhēnos both derive from the Celtic word rather than from Indo-European directly, because they both share the change from -ei- to -ē-, which is characteristic of the Celtic languages but not of Latin or Greek.
Проще говоря, греческие и латинские названия реки Рейн происходят из кельтского языка, а не из индоевропейского, и далее объясняется почему.